آکواریوم ها را به‌صورت کلی می‌توان به دو نوع آکواریوم آب‌شور و آکواریوم آب شیرین تقسیم کرد. تفاوت اصلی این دو آکواریوم همان‌طور که از نام آن‌ها پیداست نوع آب آکواریوم است. لازم به ذکر است که ماهی‌ها در شرایط طبیعی نیز دریکی از این دو وضعیت آب زندگی می‌کنند. برای مثال برخی ماهی‌ها در آب دریا و اقیانوس‌ها زندگی می‌کنند. می‌دانیم که آب دریا و اقیانوس‌ها شور است. برخی ماهی‌ها نیز در برکه‌ها و رودخانه‌ها که آب شیرین دارند زندگی می‌کنند.
در آکواریوم های آب‌شور امکان نگهداری گیاهان آکواریومی وجود ندارد. در این آکواریوم ها بیشتر مرجان و شقایق نگهداری می‌شوند. همچنین همان‌طور که در بالا ذکر شد در این آکواریوم ها ماهی‌هایی که در اقیانوس‌ها و دریاها زندگی می‌کنند نگهداری می‌شود.
آکواریوم های آب‌شور و شیرین به لحاظ نوع تجهیزات مورداستفاده، نوع ماهی‌ها و شرایط نگهداری متفاوت هستند.